菌種用于發酵過程作為活細胞催化劑的微生物，包括細菌、放線菌、酵母菌和霉菌四大類。來源于自然界大量的微生物，從中經分離并篩選出有用菌種，再加以改良，貯存待用于生產。
菌落直徑為1-2mm，圓形，邊緣整齊，不透明，正面黃色，淺色，中間凸起，表面光滑，表面明亮，質地濕潤，易挑起，不產色素，G－（紅），桿菌，純度：純。
篩選：
工業發酵的有用菌種，其篩選步驟包括菌種分離、初篩和復篩，挑選具有某種能力的有用菌種。
分離：
首先是從土壤或腐生植物中收集含菌樣品，用無菌水稀釋后，涂布于置有適宜細菌、放線菌或霉菌生長的瓊脂培養基平皿上，并將其倒置于恒溫箱中，培養一定時間，平皿上長出的許多單個菌落（單一微生物的集落）經分別分離后即為各種純種菌株，簡稱純種，移種至試管斜面培養基上，置4℃冰箱備用。
操作步驟：
①準備2個平板；
②安全柜中打開，用酒精燈灼燒頂部，后迅速滴上無菌水使之破裂，隨后用鑷子將其敲碎；
③吸取0.5mL無菌水打入凍干管，充分，混勻；
④吸取0.2mL菌懸液打入平板中，涂布均勻，重復兩次獲得兩個平板；
⑤將平板全部置于上述培養條件下培養，菌種長出即可使用。
